Han existido muchas versiones acerca del descubrimiento de la Virgen de Suyapa, con pequeñas variaciones en los detalles. La más ampliamente conocida y aceptada entre sus devotos es la de su descubrimiento milagroso por parte del trabajador agrícola Alejandro Colindres, a finales de enero o principios de febrero de 1747.
El relato cuenta que Colindres y un niño de 8 años fueron enviados por la madre del primero, Isabel Colindres, a limpiar campos de maíz a la montaña del Piliguín, al noreste de Tegucigalpa. De regreso, los atrapó la noche y decidieron dormir afuera. Colindres se mantuvo despierto por un dolor agudo en su costado, y se dio cuenta de que estaba acostado sobre algo, sin poder ver lo que era por la oscuridad, tomaba y arrojaba lo que le molestaba, pero cuando volvía a acostarse ahí estaba de nuevo.
A la mañana siguiente, Colindres descubrió que se trataba de la estatuilla de una virgen, que luego llevó a la casa de su madre, en la Villa de Suyapa, actualmente un barrio de la capital. Allí se le hizo un altar de madera, donde los conocidos de la familia iban a rezar.
Las primeras narraciones escritas sobre el descubrimiento de la estatua no mencionan el nombre del campesino que la encontró. En algunas se afirma que este guardó el objeto que le molestaba y se dio cuenta de que era una virgen hasta llegar a su destino, o que desistió de arrojarlo al percatarse que emanaba un aroma. También varía la identidad de Isabel Colindres, quien en un documento antiguo figura como la hermana de Alejandro
